人体基因编辑是在编什么?五分钟搞懂基因神剪CRISPR

2018年11月,中国基因编辑宝宝让全世界都惊呆了!但这个事件的前因,要追溯到2012年横空出世的基因剪刀CRISPR,让人类从此可精准、快速、便宜的编辑DNA。想要了解基因编辑的威力与限制,就得从这把剪刀谈起。我们邀请中研院生物化学研究所、专研CRISPR的凌嘉鸿博士,介绍这项正在翻转世界的基因神器。

编辑人体基因,就是修改人体DNA,主要动机是根治基因突变引发的疾病。

「但是瑞凡,我们真的需要基因编辑来治病吗?」

事情是这样的: DNA是生命的蓝图,指挥细胞生产蛋白质,维持人体的生长与运作。当DNA的重要位置发生突变,「细胞工厂」运作会失控,就可能造成生理失调,甚至像白血病等重大遗传疾病。

「生病了,可以吃药。但基因突变造成的疾病,药物只能控制病情。」凌嘉鸿继续解释:「因为从蓝图就错了,细胞永远只能制造错误的蛋白质。想要根治,最好直接更正蓝图,修改DNA。」

基因编辑,可以从源头下手,找到错误的DNA片段,用一把分子「剪刀」切开,剔除这个错误的基因,或是在缺口处「贴上」正确的DNA片段。

人体基因编辑是在编什么?五分钟搞懂基因神剪CRISPR插图

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所以首先,必须要有一把精准、能够剪开DNA双螺旋的好剪刀,CRISPR就是当前最好用的一把。有趣的是,它来自细菌的免疫系统。

人体基因编辑是在编什么?五分钟搞懂基因神剪CRISPR插图2细菌里的基因剪刀

1987年,日本科学家在大肠杆菌的基因体发现一段古怪的规律序列,某一小段DNA(Repeat)会一直重复,重复片段之间又有一样长的间隔(Spacer),用途不明,科学家把这段序列叫做CRISPR (clustered, regularly interspaced, short palindromic repeats)。后来发现,许多细菌都有CRISPR,它是细菌免疫系统的一种机制,可以记忆曾经来犯的病毒。

想不到,这个看似不起眼的DNA片段,将会引爆基因编辑的大狂潮!

人体基因编辑是在编什么?五分钟搞懂基因神剪CRISPR插图

故事是这么开始的:当病毒入侵细菌,会把自己的DNA注入到细菌中,企图霸占细菌工厂的资源,复制新病毒。但细菌也不会乖乖挨打,它们的免疫系统可以辨识、摧毁病毒的DNA。这是一场微观世界的闪电战,细菌的反击必须够快、够准,才有机会存活!

有些细菌侥幸存活后,会挑选一段病毒的DNA碎片,插入自己的CRISPR序列(增加一段Spacer),就像为病毒建立「罪犯资料库」。当病毒第二次入侵,细菌就能依靠CRISPR序列快速认出这种病毒,第一时间反杀,提高存活率。

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细菌是如何认出病毒的呢?首先,细菌会用旧病毒的DNA片段(Spacer)当模板,打造一条互补的引导RNA,例如病毒DNA的碱基是T、RNA是A,DNA是G、RNA是C,或是互相颠倒。引导RNA再利用这种互补关系,比对新病毒DNA片段,如果可以互补,表示新旧病毒相同。

然后,一种可以切割DNA的酵素Cas9(武装警察),会抓着这段引导RNA(嫌犯资料),前去「盘查」新病毒的DNA,看看有没有跟引导RNA互补的段落。这一次反过来,RNA是A,DNA是T;RNA是C,DNA是G,或是互相颠倒。

一旦找到了,Cas9立刻剪开「被认出」的DNA片段。DNA被剪断摧毁,病毒就没戏唱了。这种细菌的免疫机制,称为CRISPR-Cas9。

基因神剪CRISPR

这么基础的细菌免疫学,跟基因编辑有什么关系呢?想想,基因编辑的关键是:找到一把可以切开DNA,又不会随便乱剪的分子级剪刀。细菌的Cas9酵素,凭着一段引导RNA,就能精准「喀擦」锁定的DNA片段。好剪刀,不用吗?

实务上的操作方法很简单:先将Cas9做好、放入冰箱,想要剪某段DNA,就订做一条互补的引导RNA。然后将Cas9解冻、与引导RNA结合,再用电击的方式进入细胞,让它去剪下错误的基因。

坏基因剪下来了,怎么贴上好的基因?因为细胞天生会自动修补受损的DNA,只要把正确的基因送进细胞核,就有机会被细胞拿来修补Cas9剪下的断口,完成基因编辑!

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基因编辑技术大跃进

CRISPR不是第一把基因剪刀。早在1990年代,科学家就开发了许多种能「剪开」DNA的酵素。每种酵素有自己的特殊结构,只能跟特定的DNA片段结合,借此精准切割目标基因。只不过,如果研究者想剪开另一段DNA,即使序列只有一点点差异,也要花费两三个月重新设计、组装全新的酵素,技术复杂、耗时又花钱。

直到2012年,科学家找到CRISPR这把神剪!它不像过去的酵素剪刀:剪一种基因,设计组装一把酵素剪刀。CRISPR从头到尾只用一把万能酵素剪刀Cas9,加上一条引导RNA,就能切割所有的DNA。目标基因换了,订购一条RNA就好,不需要重新设计复杂的酵素,技术和价格门槛都非常低。

所以CRISPR一问世,立刻铺天盖地应用在细菌、真菌、动物、植物、人类医学。2010年有关CRISPR的论文不到50篇,到了2015年,已暴增到1100篇。

基因编辑治疗免疫疾病

「既然CRISPR这么好用,是不是可以终结所有的遗传疾病了?」可惜的是,这把剪刀还有很多技术上的瓶颈, 还不适合直接治疗人体细胞。

「最重要的瓶颈之一:这把细菌的基因剪刀用在人体的DNA,不是百分百准确。」凌嘉鸿慎重提醒。

Cas9能辨认的序列是23个碱基,但人体DNA碱基序列有65亿个,Cas9想要找到正确的序列,宛如大海捞针!

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以统计学方法来算,要从65亿个碱基序列里找到一条独一无二的序列,长度至少要28个,低于这个数字,找到的可能只是相似的序列,因此Cas9无法保证统统剪对位置。当Cas9切错位置,可能造成难以想像的副作用。

「目前比较安全的作法,是先从病人体内取出细胞修改,确定没问题再放回体内。」凌嘉鸿说。不过,大部分细胞、组织都不可能任意取出,只有随时悬浮在血液中的免疫细胞,抽血就能取得。如果有人免疫细胞先天不足,可以先把它们取出体外,修改基因,例如把T细胞取出来,「教会」它们癌细胞长什么样子,再把「变聪明」的T细胞放回体内,找出癌细胞进行摧毁。

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最近几年,很多医药或癌症研究都转向CRISPR,像中国很早就开始将CRISPR搭配免疫疗法,美国、欧洲也渐渐跟上。CRISPR还可用在干细胞,先从病人身体取出干细胞,先在体外进行基因编辑,再放回体内分化成各种健康细胞,更是潜力无穷!