立体货柜系统特征在于包括:轨道架,设置在所述自动货柜系统底面或任意相对的两面;若干货柜,可移动的排布在所述轨道架上,且至少空出一个大于或等于所述货柜大小的空间用于所述货柜的移动倒换,所述货柜与所述轨道架配合的至少一面上设有滑动装置,用于使所述货柜在所述轨道架上自由移动;至少一个移柜器,可移动的设置在所述轨道架上,所述移柜器上设有运动装置,用于使所述移柜器在所述轨道架上自由移动;连接装置,用于使所述移柜器与所述货柜连接并带动所述货柜移动;分别用于驱动所述运动装置和所述连接装置的运动装置驱动单元和连接装置驱动单元,以及控制单元,耦合连接到所述运动装置驱动单元和所述连接装置驱动单元,所述控制单元用于控制所述移柜器带动货柜换位移动,以最短的路径、最少的移动次数将目标货柜移动至指定位置。